Luego de conocerse en un informe periodístico de la Revista Semana, de unos hechos de corrupción en el Comando Conjunto de Inteligencia de las Fuerzas Militares, el Ministro Luis Carlos Villegas anunció que dejará de existir esa dependencia.
Según la investigación, desde ese Comando Conjunto se desviaba dinero que terminaba siendo utilizado para asuntos personales de los oficiales de alto rango, donde figura presuntamente el excomandante de las Fuerzas Militares Juan Pablo Rodríguez.
En poder de la fiscalía están las investigaciones por el desvío de recursos de los gastos reservados, seguimientos ilegales y uso de información secreta en las Fuerzas Militares.